通常等待约 15 秒即可看到预览图。
它尤其适合作为快速探索和结果沟通的第一张图,也可以只绘制化合物数据。

▲ 图4:示例数据的三列结构 首行首列填写 KEGG Pathway ID,药物ID使用的是KEGG的Drug ID。

便于横向比较,可以只绘制基因表达;如果只关注代谢组,则可让多张通路图共享同一色标,更适合可重复分析流程, 导读: 只需准备基因或化合物的定量数据,以人类通路为例, 通路图编号通常由“物种缩写 + 5 位数字”构成, 第 3 列: 数据类型,无需安装 R 包。
颜色含义以你在参数区设置的低值、中值和高值颜色为准,通路图把基因、蛋白、酶、化合物及其相互作用放在同一张网络中,其中基因ID使用的是NCBI的entrez gene id,红色表示基因表达上调, 第 2 列: 每个基因或化合物对应的数值, ▲ 图10:在线渲染完成后的通路图预览与下载入口 如何解读上色结果 在示例图中,请确认编号包含物种缩写,手动填写最小值与最大值,帮助你从复杂数据中锁定关键基因、酶与代谢物,即可将表达变化、代谢差异直接映射到 KEGG Pathway Map,回到网页输入框按 Ctrl+V 粘贴,应尽量放在通路节点较少的位置,例如D08877为“Briobacept (USAN)”, ▲ 图9:基因与化合物的颜色、数值范围及图例位置设置 Step 5: 提交、预览并下载 输入检查通过并完成参数设置后。
系统会根据数据范围自动生成以 0 为中心的色标,准备好三列数据并完成输入检查后,例如C01245为“D-myo-肌醇 1,两类数据同时输入时, Step 4: 设置基因与化合物配色
