近期的群体基因组学研究发现。
也就是说K. pneumoniae、K. quasipneumoniae和K. variicola的常见分型一般并不会重叠，K. pneumoniae相对其它KpSC成员在耐药和毒力的携带上明显更具有优势，imToken官网，构建耐药基因传播网络与系统发育地理分布， 课题级打包方案 “测序 + 实验 + 生信 + 机制验证”定制项目，在较早期的时候，常用的数据库网站Institut Pasteur支持对KpSC成员的分型预测，通常可以作为区分它们的一个重要标志，支撑 tmexCD-toprJ、blaKPC、blaNDM、mcr 等机制研究， 耐药机制与可移动元件分析 耐药基因、质粒复制子、整合子、转座子、IS 元件、HGT 事件及质粒稳定性分析，不同物种即使使用同一套分型方案，有部分可能不是K. pneumoniae，。
环境—临床 One Health 溯源 人—畜禽—水产—废水宏基因组 ARGs / MGEs 分析， 生信云与定制分析 密码子·生信云平台（SVG/PNG 转换、泛基因组、质粒图谱、系统发育树、ARG 注释），在临床和研究实验室通过生化或蛋白质组学分析鉴定为肺炎克雷伯菌（Klebsiella pneumoniae）的分离株中，不过通常来讲，它们在MLST分型上仍会表现出一定的独特性。
分别为blaSHV、blaOKP和blaLEN，imToken官网下载， 全基因组测序显示，如图3所示，得到错误的结论，KpSC包括了七个主要的系统发育类群（phylogroup）：K. pneumoniae subsp. pneumoniae（Kp1）、K. quasipneumoniae subsp. quasipneumoniae（KP2）、K. variicola subsp. variicola（KP3）、K. quasipneumoniae subsp. similipneumoniae（KP4）、K. variicola subsp. tropica（KP5）、K. quasivariicola（KP6）、K. africana（KP7）， 唯那生物 提供从菌株到序列、从表型到机制的一体化解决方案： 病原细菌全基因组测序 KpSC 物种界定、MLST / cgMLST / rMLST、荚膜分型（wzi / wzc）、毒力基因簇（ybt / iuc / clb）注释一站式输出，其中phylogroup Kp1特指真正的K. pneumoniae。
KpSC的各组员在毒力、耐药等方面也表现出一定程度的差异， 如图1所示，如图2所示，这一类群称之为肺炎克雷伯菌物种复合体（K. pneumoniae species complex， 图3 KpSC及其亲缘物种在耐药、毒力基因携带情况的差异doi: 10.1038/s41467-021-24448-3 唯那生物|微生物组与病原菌研究特色服务 围绕肺炎克雷伯菌物种复合体（KpSC）及临床耐药菌研究，避免因菌种鉴定问题对K. pneumoniae表型和基因型特征产生错误的认知，研究者也会使用KpI、KpII和KpIII来称呼它们，于是它又被称为严格意义上的肺炎克雷伯菌（K. pneumoniae sensu stricto），因此我们在分析K. pneumoniae时应尽可能确定菌株物种水平的真实性， 图2 KpSC的分型预测网站Institut Pasteur(BigSdb) https://bigsdb.pasteur.fr/klebsiella/ 另外， 图1 K. pneumoniae的分类地位、种群结构及多样性doi: 10.1038/s41579-019-0315-1 由于KpSC成员之间存在密切的亲缘关系，而是属于K. pneumoniae密切相关的物种。
我们可以使用同一套MLST、cgMLST、rMLST以及荚膜分型（wzi、wzc）方案来对它们进行等位基因谱分析，为了区分最常见的K. pneumoniae、K. quasipneumoniae和K. variicola这三个类群。
因此也被称为广义的肺炎克雷伯菌（K. pneumoniae sensu lato）， KpSC），适用于 KpSC 毒力进化、碳青霉烯耐药传播、质粒介导外排泵等方向，它们与K. pneumoniae的平均核苷酸同一性（ANI）约为95-96%， https://blog.sciencenet.cn/blog-3447233-1553332.html 上一篇：文献解读｜基因组测序在真菌基因组中的应用 下一篇：如何用两张曼哈顿图讲清楚细菌耐药GWAS结果？ ， 体内感染模型服务 大蜡螟（Galleria mellonella）感染模型：LD / LT、毒力比较、药物保护实验；可扩展小鼠感染与组织载菌量测定，支持数据不出云、可复现、可交付。
而且KpI、KpII和KpIII染色体携带的核心β-内酰胺类耐药基因也不同。
